नेपाल सरकारका जिल्लास्थित कार्यालयहरूलाई रकम निकासा गर्ने, आन्तरिक लेखापरीक्षण गरी प्रतिवेदन उपलब्ध गराउने तथा विनियोजन, राजश्व र धरौटीको एकीकृत वित्तीय विवरण तयार गरी महालेखा नियन्त्रक कार्यालयमा पेश गर्ने उद्देश्यले आय-व्यय सञ्चालन कार्यविधि नियमावली, २०३८ बमोजिम वि.सं. २०३८ साउन १ गतेदेखि महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको प्रतिनिधिका रूपमा जिल्लास्तरमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयहरूको स्थापना गरिएको हो। सोही क्रममा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय, मुगु वि.सं. २०३९ सालमा स्थापना भएको हो।
प्रारम्भमा चौमासिक निकासा, मासिक सोधभर्ना निकासा लगायतका प्रणालीमार्फत बजेट निकासाको कार्य हुँदै आएकोमा सूचना प्रविधिमा भएको विकासलाई आत्मसात गर्दै सरकारको वित्तीय खर्च तथा नगद व्यवस्थापनलाई रियल टाइममा आधारित, मितव्ययी, पारदर्शी र प्रभावकारी बनाउने तथा वित्तीय जोखिम न्यूनीकरण गर्ने उद्देश्यले वि.सं. २०६६ माघ १ गतेदेखि एकल खाता कोष प्रणाली (Treasury Single Account - TSA) लागू गरिएको हो।
वित्तीय व्यवस्थापन प्रणालीलाई थप सुदृढ बनाउन महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले आधुनिक सूचना तथा सञ्चार प्रविधिमा आधारित प्रणालीहरूको विस्तार गर्दै देशभर एकीकृत रूपमा कार्यान्वयन गरिरहेको छ। महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको जिल्ला स्तरीय प्रतिनिधिको रूपमा जिल्ला कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयले सरकारी कार्यालयहरूको वित्तीय व्यवस्थापन, कोष निकासा तथा भुक्तानी कार्यमा समन्वय र सहयोग प्रदान गर्दछ।
यो कार्यालयले आफ्नो कानुनी अधिकार क्षेत्रभित्र रही वित्तीय नियन्त्रण, जिल्ला स्तरीय सरकारी कार्यालयहरूको आन्तरिक लेखापरीक्षण, सुझावसहित लेखापरीक्षण प्रतिवेदन जारी गर्ने तथा प्रचलित कानुन अनुसार विनियोजन, राजस्व, धरौटी, कार्य सञ्चालन कोष तथा अन्य सरकारी कोषहरूको एकीकृत वित्तीय विवरण तयार गरी पेश गर्ने कार्य गर्दछ।